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Advanced Courses in Life Sciences

6ª Edición

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital

16-20 enero, 2017, Barcelona (España)

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital

Dirigido a usuarios de microscopía avanzada que deseen obtener mayor rendimiento de sus equipos, mejorar la calidad de las imágenes y obtener resultados cuantitativos de las mismas.

Es un curso fundamentalmente práctico, donde se abordará, entre otros métodos, los procedimientos básicos para el realce y la restauración de las imágenes, la eliminación del ruido de fondo de muestras procedentes de microscopía convencional y confocal, la preparación de máscaras para la cuantificación y el análisis de imagen semiautomático y la reconstrucción tridimensional a partir de secciones ópticas y cortes histológicos.

Todo el software que se utilizará en el curso será libre y se facilitará a los participantes durante el mismo (ImageJ y Fiji).

LUGAR

Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont

C/ de l’Escola Industrial, nº 23
08201 Sabadell, Barcelona.

España – ICP – Sabadell

LENGUA

Español

HORAS LECTIVAS

30 horas presenciales.

NÚMERO DE PLAZAS

La capacidad del curso es de 16 participantes, que se ocuparán por estricto orden de inscripción.

Los participantes que completen el curso recibirán un certificado a la finalización del mismo.

Profesor

José F. Pertusa-Grau instructor for Transmitting Science

Dr. José F. Pertusa-Grau
Universitat de València
España

Coordinadores

Juan Vicente Bertó-Mengual coordinator at Transmitting Science

Juan Vicente Bertó-Mengual
Transmitting Science
España

Ana Rosa Gómez-Cano coordinator at Transmitting Science

Dra. Ana Rosa Gómez-Cano
Transmitting Science
España

Soledad De Esteban-Trivigno instructor at Transmitting Science

Dra. Soledad De Esteban-Trivigno
Transmitting Science
España

Requisitos

Graduado o Postgraduado en cualquier grado de Ciencias, conocimientos básicos de Estadística y de informática. Ordenador portátil (Windows, Mac, Linux).

Programa

1. Métodos manuales para la obtención de medidas. Estereología. Qué medir y cómo. Estimación del área. Estimación de la longitud de un objeto. Estimación del error de la medida. Inferencia de la tercera dimensión: métodos estereológicos; cálculo de volumen, superficie y densidad de objetos en estructuras tridimensionales.


2. Análisis de imagen asistido por ordenador. La imagen analógica y la imagen digital. Conversión analógica-digital: el píxel. Convenios en análisis de imagen. Parámetros de campo y de objeto. Parámetros densitométricos. Nivel de gris: el histograma de gris. Escalado lineal. Procedimiento general en análisis de imagen asistido por ordenador.


3. Procesado de imagen (I): Operaciones punto a punto. Tablas de conversión de gris (LUT). Falso color. Alteraciones del histograma de gris: normalización y ecualización. Operaciones aritméticas entre imágenes en gris. Problemas de la manipulación de grises para la medida de parámetros.


4. Procesado de imagen (II): Operaciones de vecindad. Concepto de Kernel. Filtros de suavizado y enfatizado. Operaciones matemáticas para detectar márgenes: el operador cruzado de Roberts. Los operadores matriciales Sobel y Kirsch. Otros detectores de márgenes.

5. Segmentación. Técnicas de Segmentación: segmentación manual, segmentación por umbrales, otras técnicas de segmentación. La imagen binaria y sus propiedades.


6. Operaciones con imágenes binarias. Morfología Matemática. Algoritmos básicos: erosión, dilatación apertura, cierre. Algoritmos clásicos: Border-Kill y Hole-Fill. Reconstrucción de imágenes degradadas. Algoritmos de esqueletizado, adelgazamiento y crecimiento. Operaciones booleanas con imágenes binarias: aplicaciones. Determinación de errores en operaciones sobre imágenes binarias.


7. La imagen 3D. Series de imágenes según su procedencia: cortes seriados, microscopio confocal, imagen de tomografía. Preparación de pilas de imágenes a partir de imágenes independientes; formato del archivo de la pila de imagen. Reconstrucción de imagen 3D desde cortes ópticos y pilas de imágenes.


8. Resolución de problemas concretos: Análisis estereológico. Corrección de errores en la captación de imagen: sombreado y ruido de fondo. Medidas de parámetros densitométricos de objeto: segmentación y aplicación de máscaras. Medidas de parámetros morfométricos: segmentación, aplicación de máscaras y clasificación de objetos.

Literatura

– Pertusa Grau, José Francisco (2012) Técnicas de análisis de imagen. Universitat de València. Servicio de Publicaciones Universitat de València, 352 p.

Testimonios

A continuación encontrará algunos testimonios de antiguos participantes en ediciones anteriores de este curso:

Dra. Marta Ginovart

“Un curso magnífico en cuanto a contenido y profesorado. Compartimos conocimiento y experiencia en el tema del análisis digital de imágenes en un ambiente relajado y muy cordial. Fue muy provechoso. La organización del curso fue impecable, excelente.” (3ª Edición)

Dra. Marta GinovartUniversitat Politècnica de Catalunya, España

Ediciones previas de este curso

5ª Edición, 25-29 enero, 2016

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital - 5ª Edición, 25-29 enero, 2016Ocho personas pertenecientes a los siguientes países e instituciones participaron en esta edición:

  • España: Universitat Autònoma de Barcelona, Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra”, Universitat de Barcelona, Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos, Institut de Biotecnologia i Biomedicina – Universitat Autònoma de Barcelona, Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont.

4ª Edición, 12-16 enero, 2015

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital - 4ª Edición, 12-16 enero, 2015Catorce personas pertenecientes a los siguientes países e instituciones participaron en esta edición:

  • España: Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra”, Universidad Autónoma de Madrid, Fundació Institut de Recerca Hospital Universitari Vall d’Hebron, Institut de Recerca de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Universidad Complutense de Madrid, Universitat Autònoma de Barcelona, Universitat de Lleida, Universidad de Málaga, Universitat Jaume I de Castellón, Universidad del País Vasco.

3ª Edición, 27-31 enero, 2014

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital - 3ª Edición, 27-31 enero, 2014Once personas pertenecientes a los siguientes países e instituciones participaron en esta edición:

  • España: Universitat de Girona, Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra”, Universitat Politècnica de Catalunya, Universitat Autònoma de Barcelona, Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos, Centro de Investigación en Agrigenómica, Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont.
  • Brasil: Universidade de São Paulo.

2ª Edición, 28 enero-1 febrero, 2013

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital - 2ª Edición, 28 enero-1 febrero, 2013Quince personas pertenecientes a los siguientes países e instituciones participaron en esta edición:

  • España: Universitat de Barcelona, Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Centro de Investigación La Orden, Biocruces, Universitat Autònoma de Barcelona, Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra”, Universidad de Santiago de Compostela, Centro de Investigación en Red de Enfermedades Respiratorias, Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont.

1ª Edición, 28 mayo-1 junio, 2012

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital - 1ª Edición, 28 mayo-1 junio, 2012Quince personas pertenecientes a los siguientes países e instituciones participaron en esta edición:

  • España: Universidad de Cádiz, Centro Nacional de Investigación sobre Evolución Humana, Universitat Autònoma de Barcelona, Institución Milá y Fontanals, Corporació Sanitària Parc Taulí, Universitat Rovira i Virgili, Universitat de Barcelona, Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge, IMIM – Hospital del Mar, Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont.

Matrícula

  • Matrícula del curso
  • Precio reducido (hasta el 15 de noviembre de 2016)
  • 440
  • Precio completo (a partir del 16 de noviembre de 2016)
  • 585
  • Incluye el material del curso, los cafés y las comidas.

Ofrecemos la posibilidad de pagar en dos plazos (contacte con los coordinadores del curso).

Alojamiento

El curso tendrá lugar en la ciudad de Sabadell, Barcelona (España).

Puede alojarse en la ciudad de Barcelona o en Sabadell. Encontrará información sobre Hoteles y Hostal en Sabadell aquí. Se tarda alrededor de 45 minutos en transporte público para llegar a Sabadell desde el centro de la ciudad de Barcelona. El lugar donde se realiza el curso está a unos 15 minutos andando de la parada de tren.

Financiación

Los antiguos participantes tendrán un 5% de descuento sobre el precio actual del curso.

Desafortunadamente no hay becas disponibles para este curso. Sin embargo, se ofrece un 20% de descuento sobre la Matrícula del curso para los miembros de algunas organizaciones (Organizaciones con descuento). Si le corresponde beneficiarse de este descuento, por favor indíquelo en el formulario de Inscripción (más adelante se le pedirá justificarlo).

Científicos desempleados españoles, así como estudiantes de doctorado españoles sin ninguna beca o ayuda para la realización del mismo, podrán beneficiarse de un 40% de descuento sobre la Matrícula del curso. Si desea solicitar este descuento, por favor contacte con los coordinadores del curso. Este descuento se aplicará a un máximo de 2 participantes por estricto orden de inscripción.

Los descuentos no son acumulativos; aplicándose, en cualquier caso, el de mayor cuantía.

Horario

Horario del curso
Del lunes 16 al viernes 20 de enero de 2017
9:30 a 13:30 Clase.
13:30 a 15:00 Comida.
15:00 a 17:00 Clase.

Habrá una pausa para el café todos los días durante las clases de la mañana.

El horario es aproximado. Es posible que el contenido de un día se alargue al día siguiente y que las clases sean más largas de lo estipulado.

Organizadores

Transmitting Science Logo
Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP) Logo

Colaboradores

Colegio Oficial de Biólogos de Castilla y León Logo
Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi Logo
Colexio Oficial de Biólogos de Galicia Logo
Col·legi Oficial de Biòlegs de la Comunitat Valenciana Logo
European Association of Vertebrate Palaeontologists (EAVP) Logo
Sociedade Brasileira de Paleontologia (SBP) Logo

Inscripción

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