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Advanced Courses in Life Sciences

2ª Edición

Análisis Cuantitativo de la Imagen Avanzado

3 – 7 junio, 2019, Barcelona (España)

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INSCRIPCIÓN CERRADA

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Análisis Cuantitativo de la Imagen Avanzado

Resumen del curso

Dirigido a usuarios de microscopía avanzada que deseen obtener mayor rendimiento de sus equipos, obtener resultados cuantitativos y automatizar los procedimientos de los mismos.

Es un curso fundamentalmente práctico, pensado especialmente para aquellos que ya tengan conocimientos básicos de análisis de imagen. No obstante, se ha previsto complementar el nivel de quien lo necesite, dedicando las sesiones iniciales al reciclado de los puntos básicos necesarios para seguir el curso con buen rendimiento.

Se parte de los procedimientos básicos para la restauración de las imágenes y la eliminación del ruido; se repasará la aplicación de las principales técnicas de segmentación, y se dedicará una especial atención a la preparación de máscaras binarias para la cuantificación y el análisis de imagen semiautomático. El núcleo del curso se centra en el estudio de las técnicas ordenadas de programación, el lenguaje de generación de macroinstrucciones de “image-J” y de las herramientas que permiten preparar rutinas ejecutables en formato “image-J-plugins“.

Todo el software que se utilizará en el curso será libre y se facilitará a los participantes durante el mismo (ImageJ y Fiji).

LUGAR

Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)

C/ de l’Escola Industrial, 23
08201 Sabadell, Barcelona (España)

Cómo llegar

FECHA

3 – 7 junio, 2019

LENGUA

Español

HORAS LECTIVAS

30 horas presenciales.

NÚMERO DE PLAZAS

La capacidad del curso es de 16 participantes, que se ocuparán por estricto orden de inscripción.

Los participantes que completen el curso recibirán un certificado a la finalización del mismo.

Profesor

José F. Pertusa-Grau instructor for Transmitting Science

Dr. José F. Pertusa-Grau
Universitat de València
España

Coordinadora

Soledad De Esteban-Trivigno instructor at Transmitting Science

Dr. Soledad De Esteban-Trivigno
Transmitting Science
Spain

Requisitos

Graduado o Postgraduado en cualquier grado de Ciencias, conocimientos básicos de Estadística y de informática. Ordenador portátil (Windows, Mac, Linux).

Se recomienda conocimientos previos de análisis de imagen.

Programa

Lunes 3 de junio de 2019. Materiales básicos sobre análisis de imagen y el programa imageJ.

  • Instalación y descripción del programa ImageJ: primeros pasos.
  • Conversión analógica-digital: el píxel.
  • La imagen analógica y la imagen digital: propiedades, tipos de archivos de imagen.
  • Convenios en análisis de imagen: profundidad, resolución.
  • Objetos y fondo: el ruido de la imagen y la necesidad de las operaciones de realce y restauración.
  • Paletas de color y espacios de color.
  • El concepto de segmentación y selección de regiones. Máscaras.
  • Parámetros y medidas.
  • Procedimiento general en análisis de imagen asistido por ordenador.
  • Operaciones aritméticas entre imágenes en gris.
  • Medidas de campo.


Martes 4 de junio de 2019. Restauración y procesado de imagen: la preparación para una buena selección de objetos.

  • Problemas de la manipulación de los niveles de gris para la medida de parámetros y ventajas que proporciona para la segmentación.
  • Operaciones entre píxeles vecinos y concepto de filtro; problemas que acarrea el uso de esas herramientas a posteriori y ventajas de su utilización.
  • Operaciones matemáticas para detectar márgenes como herramienta de segmentación.
  • Los lenguajes de programación: lenguajes de bajo y alto nivel de programación.
  • El lenguaje algorítmico y la programación estructurada.
  • El lenguaje ijm (imageJ macro): relación con el lenguaje Java.
  • El lenguaje ijm (imageJ macro).
  • Sintaxis de las funciones definidas en imageJ.
  • Las herramientas de edición de macroinstrucciones y la accesibilidad de la documentación.
  • Definición de variables y constantes para mejorar la secuencia de instrucciones.
  • Parámetros y llamadas de función.

Miércoles 5 de junio de 2019. La segmentación.

  • Técnicas de Segmentación.
  • Búsqueda interactiva de los umbrales.
  • Criterios de segmentación por umbrales basados en el histograma de gris.
  • Detección de máximos como criterio de segmentación: semilla y crecimiento.
  • Selección de colores o bandas espectrales y otras técnicas de segmentación.
  • Resultado de la segmentación: la imagen binaria.
  • El nombre de las imágenes y su definición como variables.
  • Acceso a los archivos de la imagen para entrada y salida. Manejo de directorios.
  • Estructuras de control: IF-THEN. Aplicación al control de ejecución de procesos en la Macro (color, 8-bits, finalización de rutinas, etc.).


Jueves 6 de junio de 2019. La imagen binaria: morfología matemática.

  • Algoritmos básicos: erosión, dilatación apertura, cierre.
  • Algoritmos clásicos: Border-Kill y Hole-Fill. Reconstrucción de imágenes degradadas. Algoritmos de esqueletizado, adelgazamiento y crecimiento.
  • Operaciones booleanas con imágenes binarias: aplicaciones.
  • Determinación de errores en operaciones sobre imágenes binarias.
  • Ejemplos de integración del esquema general de trabajo en análisis de imagen.
  • Estructuras de control y bucles; WHILE-DO, FOR, DO-UNTIL.
  • Creación de ventanas de diálogo con el programa.
  • Ejemplos para recapitular conocimientos.


Viernes 7 de junio de 2019. Series de imágenes.

  • Preparación de pilas de imágenes a partir de imágenes independientes.
  • Formato del archivo de la pila de imagen.
  • La imagen 3D.
  • Aplicación de máscaras y clasificación de objetos.
  • Funciones y rutinas en la macro.
  • Acceso a los resultados y las tablas de datos: reconstruir una tabla.
  • Uso de parámetros obtenidos como variables en ejecución activa de la macro.
  • Ejemplos para recapitular conocimientos.

Matrícula

  • Matrícula del curso
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  • Precio reducido (hasta el 28 de febrero de 2018):
  • 486
  • Precio completo (a partir del 1 de marzo de 2018):
  • 578
  • Incluye el material del curso, los cafés y las comidas (IVA incluido).

Los participantesquepertenezcana alguna de las institucioneslistadas AQUÍ tendrán un 20 % de descuento. Los descuentos (ver la sección de Financiación más abajo) no son acumulativos y se aplican sólo a la inscripción.

Ofrecemos la posibilidad de pagar en dos plazos (contacte con la coordinadora del curso).

Alojamiento

El curso tendrá lugar en la ciudad de Sabadell, Barcelona (España). Eche un vistazo al lugar.

Puede alojarse en la ciudad de Barcelona o en Sabadell. Encontrará información sobre Hoteles y Hostal en Sabadell aquí. Se tarda alrededor de 45 minutos en transporte público para llegar a Sabadell desde el centro de la ciudad de Barcelona. El lugar donde se realiza el curso está a unos 15 minutos andando de la parada de tren.

Horario

Horario del curso
  • De lunes a jueves:
    • 9:30 a 13:30 Clase.
    • 13:30 a 15:00 Comida (incluida).
    • 15:00 a 17:30 Clase.
  • Viernes:
    • 9:30 a 13:30 Clase.
    • 13:30 a 15:00 Comida (incluida).

El horario es aproximado. Es posible que el contenido de un día se alargue al día siguiente y que las clases sean más largas de lo estipulado.

Financiación

Descuentos

Los antiguos participantes tendrán un 5% de descuento sobre el precio actual del curso.

Además, se ofrece un 20% de descuento sobre la Matrícula del curso para los miembros de algunas organizaciones (Organizaciones con descuento). Si le corresponde beneficiarse de este descuento, por favor indíquelo en el formulario de Inscripción (más adelante se le pedirá justificarlo).

Científicos desempleados que vivan en España, así como estudiantes de doctorado españoles que estén desarrollando su doctorado en España y no tengan beca o ayuda para la realización del mismo, podrán beneficiarse de un 40% de descuento sobre la Matrícula del curso. Si desea solicitar este descuento, por favor contacte con la coordinadora del curso. Este descuento se aplicará a un máximo de 1 participante por estricto orden de inscripción.

Los descuentos no son acumulativos; aplicándose, en cualquier caso, el de mayor cuantía.

Organizadores

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Colaboradores

Colegio Oficial de Biólogos de Castilla y León Logo
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